ATO はJobKeeper 補助金について、受給資格のある事業体にとっては課税所得の対象であり、従業員に支払われた 金額については、通常の損金算入のルールが適用されることを認めています。またJobKeeper 補助金は、事業体によるサービス供給の対価ではないため、GST の対象とはならないとしています。
また最近ATO は、雇用主が JobKeeper 補助金を税法上いつのタイミングで収入として認識すべきかについてのガイダンスを発表しました。
ATO によると発生主義で会計処理している事業体によるJobKeeper補助金を収入として認識するタイミングは有効な月次事業申告(business monthly declaration)を ATO に提出した時であるとしています。例えば、2020 年 6 月末までの JobKeeper補助金に関連する分の受け取りは、通常2021 年の所得年度（6 月 30 日の会計期間を想定）に発生した収入として認識されます。
現金主義を採用している企業の場合は、単純に JobKeeper 補助金を実際に受け取った時に収入として認識されます。6 月末までの4 週間分の JobKeeper 補助金のほとんどは、2020 年 7 月に受領され、2021 年の確定申告で収入として認識されるべきであるとしています。